Les villes forment des systèmes complexes, évolutifs et hiérarchiques. L’évolution de leur organisation géographique peut sembler immédiatement traduisible en un modèle informatique dont les agents et les règles seraient le simple reflet des entités et des processus associés à chaque niveau, tels que conceptualisés en géographie. Dans cet article nous montrons comment la résolution des problèmes posés par l’articulation de niveaux d’organisation dans un tel modèle peut passer par la construction négociée et formalisée d’une ontologie thématique multi-niveaux infléchie, qui peut alors être implémentée. Nous expliquons ce qui distingue selon nous les modèles multi-niveaux, et en quoi une approche à base d’agents peut suggérer des solutions aux problèmes informatiques soulevés par la conception de ces modèles. Nous nous focalisons ensuite sur un cas précis de réalisation et étudions en particulier deux aspects importants dans le couplage de niveaux opéré : la représentation de l’espace à chacune des échelles géographiques simulées, et la formalisation des interactions inter-niveaux.