En 1992, avec la Conférence de Rio et le néologisme biodiversité en 1986, les politiques de conservation de la nature vont prendre un nouvel élan. De nombreux outils sont créés, et parmi ceux relatifs à l’espace, certains insèrent la biodiversité au sein des territoires par une entrée aménagement. Dans cette optique, en France, le Grenelle de l’Environnement en 2007, lance la Trame Verte et Bleue (TVB), politique d’aménagement visant à assurer les continuités et les proximités entre les milieux naturels pour permettre aux écosystèmes de fonctionner. Cet outil intègre tout aussi bien les milieux naturels que ceux anthropisés, qu’ils soient urbains ou agricoles. Ce nouveau contexte d’action publique, qui inclut la conservation de la biodiversité dans une politique d’aménagement, amène de nombreuses interrogations : comment la gouvernance de la biodiversité se met-elle en place à cette échelle territoriale ? Comment s’intègre-t-elle dans des espaces dont l’occupation du sol est fortement marquée par une agriculture intensive ? Avec trois études de cas, nous utilisons pour l’analyse, des observations participantes, des entretiens semi-directifs, des analyses documentaires et des groupes de travail. Ces études de cas concernent des plaines anthropisées à forte occupation agricole : la plaine de Valence, la plaine du Forez et celle de Bièvre-Valloire en région Auvergne-Rhône-Alpes. Nous considérons ces espaces comme des socio-écosystèmes (Ostrom, 2009), c’est-à-dire des systèmes complexes où les dynamiques sociales et écologiques sont liées. Dans cette présentation j’associerai une dimension théorique à une dimension opérationnelle. Tout d’abord je présenterai et je discuterai le cadre d’analyse que j’ai construit en m’appuyant sur le concept de socio-écosystème. Ce cadre permet de considérer simultanément dynamiques sociales et écologiques et l’ambition de ma thèse est de montrer en quoi cette lecture globale permet d’aborder de façon renouvelée les formes de gouvernance de la biodiversité dans les territoires. Face aux nouvelles interrogations posées par l’émergence des questions de biodiversité dans les politiques d’aménagement et de développement territorial, nous verrons en quoi cette approche peut contribuer à enrichir les cadres de la géographie, et développer une géographie de la conservation (Mathevet and Godet, 2015). Du point de vue opérationnel je développerai ensuite un exemple concernant les premiers résultats du territoire de Bièvre-Valloire. Nous avons ainsi remarqué que la démarche contractuelle de la TVB souhaite accompagner les acteurs locaux, mais parmi eux, ceux du monde agricole ne sont que peu présents. Cependant, il ne s’agit pas ici d’une relation de confrontation entre agriculture et biodiversité, différents acteurs considérant que le maintien d’une certaine activité agricole a des effets positifs sur la faune et la flore. De plus, la plaine de Bièvre possède un fort enjeu de pollution aux nitrates de ses eaux souterraines, enjeu qui se retrouve au niveau institutionnel. Ainsi dans la mise en œuvre de la TVB, l’intérêt collectif et partagé autour de l’eau profite aux actions en faveur de la biodiversité. Ces premiers résultats invitent donc à poursuivre la réflexion sur la relation entre les espaces agricoles et la conservation de la biodiversité, notamment sur les modalités d’une meilleure gouvernance territoriale.