Que le système encyclopédique, à l’instar du système cartésien, situe à son fondement l’entendement humain, traduit paradoxalement l’écart qui s’est progressivement creusé entre la théorie de la connaissance de l’âge classique et celle du siècle des Lumières. C’est ainsi la requalification du concept de «  lumière naturelle  » qui, avant toute chose, autorise le passage de l’une à l’autre de ces conceptions du système : une telle lumière, au milieu du xviiie siècle, ne crée plus ce qu’elle vient éclairer, mais restaure l’ordre des connaissances qui, selon celui de leur genèse, ne répandait guère que des ténèbres, et, autant qu’il est en elle, éclaire le monde tel qu’il a été créé par Dieu. Aussi le véritable système, celui qui, loin d’être une pure rêverie, reflète la nature des choses, paraît-il ouvert et inachevé. Dès lors n’exprime-t-il pas le désir d’embrasser l’Univers par la pensée, mais la conscience de l’impossibilité d’accéder à un point de vue qui n’appartient qu’à Dieu. S’il appartient bien à l’Aufklärung de faire l’apologie du système36, il lui revient aussi d’être l’initiatrice de sa critique dans son versant dogmatique, et le lieu d’un «  esprit systématique  » tout à fait conscient des limites de la lumière naturelle. L’entreprise des Encyclopédistes atteste donc à elle seule que l’interdisciplinarité peut et doit s’établir en un système, i.e. au travers d’une recherche des principes qui marquent pour chaque science les ressorts de ses progrès.